Les principales villes (agglomérations) du Japon classées en ordre décroissant d’habitants sont (chiffres de 2005) :
Tōkyō : 12,7 millions pour la préfecture, dont 8,3 millions pour les vingt-trois arrondissements spéciaux.
Yokohama : 3,6 millions
Ōsaka : 2,6 millions
Nagoya : 2,2 millions
Sapporo : 1,9 million
Kōbe : 1,5 million
Kyōto : 1,5 million
Fukuoka : 1,4 million
Kawasaki : 1,3 million
Saitama : 1,2 million
Hiroshima : 1,1 million
Sendai : 1 million
L'agglomération de Tōkyō, englobant entre autres Yokohama, Kawasaki et Saitama est, avec plus de 33 millions d’habitants,la plus peuplée du monde.